هو القسم المعني بتنفيذ كافة اعمال الصيانة الاصلاحية والوقائية للأجهزة الطبية في مختلف مواقعها كالمستشفيات والمراكز الصحية والمختبرات الطبية وبنوك الدم ضمن آليات عمل محددة وحسب نظام الايزو المعتمد كما يقوم القسم بأعداد المواصفات الفنية للأجهزة الطبية وتقديم الاستشارات الفنية المتخصصة في مجال الهندسة الطبية ومشاريع المستشفيات والمراكز الصحية من خلال كوادر مؤهلة والبالغ عددها (45) مهندسا وفنيا مقسمين الى ثمانية مجموعات فنية متخصصة كل مجموعة مسؤولة عن صنف محدد من الاجهزة الطبية.