تقوم مديرية الهندسة الطبية بتقديم خدماتها بجودة عالية لإرضاء حاجات ورغبات العميل من خلال تطبيق نظام إدارة الجودة بالتوافق مع متطلبات المواصفة العالمية (9001:2015 ISO) والمتطلبات القانونية. و تهدف مديرية الهندسة الطبية إلى تقديم كافة الخدمات المتعلقة بالأجهزة الطبية في وزارة الصحة حسب المعايير العالمية , و التقليل من نسبة وفترة تعطل الأجهزة الطبية عن طريق تنفيذ برامج الصيانة التفقدية والوقائية، وتدريب وتأهيل الكوادر إلى أعلى المستويات الفنية وتطبيق المتابعة الفعلية والميدانية.
كما تهدف مديرية الهندسة الطبية إلى التحسين المستمر ويتم تنفيذ هذه السياسة عن طريق إعداد الأهداف المطلوبة التي تراجع بشكل دوري في الاجتماعات الإدارية.